Au début était la Silva Pertica, la forêt du Perche. Cette forêt primitive, milieu hostile, n'est peuplée, aux temps préhistoriques, qu'en marge. Cependant des pierres mégalithiques, dolmens, menhirs... témoignent de la présence humaine au coeur du Perche au néolithique final. Cette présence est confirmée par la découverte d'outils préhistoriques en silex taillé. Des outils de bronze, de fer témoignent de la continuité de l'occupation humaine.

La forêt du Perche délimitait les territoires des peuplades celtes. Au sud, les Aulerques, au nord et à l'ouest les Carnutes s'efforcent de faire reculer la forêt et de cultiver ainsi les espaces défrichés.

La présence romaine n'a pas laissé une empreinte profonde. Les voies de communication, les via publicae, traversent le Perche, reliant Sens à Valognes, Chartres au Mans ou encore Evreux à Tours. L'archéologie et la toponymie prouvent aussi la présence d'établissements agricoles, en marge du Perche. Le peuplement du Perche reste encore faible.

A partir du baptême, en 496, de Clovis à Reims, l'Eglise joue un rôle prépondérant dans la mise en valeur de la forêt du Perche. La conversion au christianisme des peuplades du Perche fut laborieuse. De nombreux évangélisateurs (sainte Céronne, saint Laumer, saint Lubin, saint Avit) portent la bonne parole. Ces ermites s'installent au coeur de la forêt du Perche et rallient les populations environnantes.
A l'époque mérovingienne, les fondations monastiques, comme celles de Saint-Germain-des-Près à Boissy-Maugis et à Corbon se multiplient. La société percheronne est très hiérarchisée. Les alleutiers disposent de leur propre terres tandis que les colons et les lides sont attachés à une terre qu'ils ne peuvent quitter. Enfin, les serfs, corvéables à merci, sont marqués au fer rouge. Ils ne possèdent rien en propre, ne jouissent d'aucun droit civil, ils composent la main-d'oeuvre servile.

Cette société hiérarchisée va être bouleversée par les invasions normandes des IX^e et X^e siècles.
De nombreuses places défensives confiées à des seigneurs laïcs par l'évêque de Chartres protègent les terres du Perche du pillage des Normands. Des seigneuries, souvent héréditaires, se constituent alors.
Deux grandes familles vont pendant de longues années se partager le Perche, la famille de Bellême et les Rotrou, seigneurs de Nogent. Entre ces deux lignages, de redoutables affrontements vont ensanglanter le pays. Parallèlement, les implantations ecclésiastiques se développent avec en particulier, en 1031, la fondation par Geoffroy III, sous les murs du château de Nogent, d'une abbaye bénédictine dédiée à saint Denis. Cette abbaye va devenir un instrument de domination et de colonisation.
Parmi les seigneurs locaux, Rotrou III le Grand (1100 - 1144) a particulièrement marqué l'histoire médiévale du Perche. Participant à la Reconquista, à la première croisade, Rotrou III a donné au Perche les dimensions d'un véritable état avec en particulier l'annexion du Bellêmois (1114). Il donna à l'ermite Bernard d'Abbeville des terres pour la fondation de l'abbaye de Thiron. De même, quelques années avant sa mort, il fit construire l'abbaye cistercienne de la Trappe. Les successeurs de Rotrou III jouèrent un rôle non négligeable dans les guerres entre les rois de France et les ducs de Normandie, rois d'Angleterre.
Cette situation stratégique de "marche" du Perche disparaît avec la conquête par le roi de France de la Normandie, du Maine et de l'Anjou. Le Perche tombe aussi entre les mains du roi de France par voie d'héritage à l'extinction de la famille des Rotrou en 1226. Le comté du Perche est alors gouverné pendant plus de 200 ans par une branche cadette de la famille royale, les Valois.

Avec la guerre de Cent Ans (1337 - 1453), le Perche est à nouveau au coeur des combats. Des bandes armées battent la campagne, la noblesse percheronne est anéantie lors des combats, en particulier, lors de la bataille sous les murs de Verneuil. Le Perche est pillé, rançonné, ses châteaux et abbayes brûlés, ses terres partagés entre les partisans du roi d'Angleterre. Les armées royales libèrent le Perche à la fin de l'année 1449.

La guerre de Cent Ans terminée, le Perche retrouve une certaine prospérité. La bourgeoisie urbaine enrichie noue des alliances matrimoniales avec les descendants de l'ancienne noblesse militaire. Ces familles construisent un manoir à la campagne au milieu d'une exploitation agricole. Tour, colombier, murailles, douves marquent la demeure d'un seigneur. Le Perche connaît alors une floraison de manoirs. La Vove, Courboyer, Chanceaux, les Perrignes, l'Angenardière..., en tout près de 400 manoirs furent construits dans le Perche.

La Renaissance dans le Perche est aussi marquée par la nouvelle rédaction des coutumes du Perche afin de les unifier et de les aligner sur la coutume de Paris. Pour ce faire, les représentants des trois ordres se réunissent le 20 juillet 1558 à Nogent-le-Rotrou. Cette coutume, consécration de l'identité du Perche, a été en vigueur jusqu'à la fin du XVIII^e siècle.

La Renaissance donne aussi au Perche un de ses plus illustres enfants, Rémy Belleau. C'est au collège de Coqueret, à Paris, qu'il rencontra quelques compagnons d'études et devient alors membre de la Pléiade aux côtés de Pierre de Ronsard, Joachim du Bellay, Etienne Jodelle, Jean Antoine de Baïf, Pontus de Thard et Dorat. Rémy Belleau fit de nombreux séjours à Nogent et rendit l'âme le 6 mars 1577. Son oeuvre poétique est importante et rend largement hommage au Perche.

Les guerres de Religion, opposant les catholiques aux protestants, ont porté dans le Perche la mort et la destruction. Des troupes huguenotes attaquent l'abbaye de Thiron le 19 mars 1562 et s'emparent du trésor. La ville de Mortagne est ensuite prise et rançonnée. Les lieux religieux sont saccagés comme la collégiale Toussaint ou le couvent Saint-Eloi. Le monastère du Val-Dieu, la collégiale Saint-Léonard à Bellême sont, cette même année 1562, dévastés. Le massacre de la Saint-Barthélemy, le 24 août 1569, eut aussi des répercussions dans le Perche avec l'assassinat du bailli du Perche, Jacques Courtin, et de son lieutenant général, François de La Martellière.

Pendant trente ans, le Perche et tout particulièrement les places fortes furent le lieu de combats entre les troupes catholiques et huguenotes. Ces querelles religieuses prennent fin avec l'abjuration de la religion réformée par Henri IV en juillet 1593. L'édit de Nantes (13 avril 1598) garantit la liberté religieuse et renforce le calme dans le royaume de France.

Le Perche a fourni à l'histoire de France, aux XVI^e et XVII^e siècles, des personnages fort célèbres.
Ministre d'Henri IV, Sully vécut dans son château de Villebon en raison du mauvais état du château de Nogent. A sa mort, en décembre 1641, Sully, demeuré protestant, est enterré dans un mausolée adossé à l'actuelle église Notre-Dame, à Nogent-le-Rotrou. Le tombeau de marbre blanc est l'oeuvre du sculpteur de la cour, Thomas Boudin.
Issu d'un lignée percheronne, Nicolas Catinat fut un des plus brillants officiers du règne de Louis XIV. Après une carrière militaire bien remplie, bien que retiré près de Montmorency, il fréquenta également ses terres du Perche (Mauves, La Chapelle-Montligeon, Saint-Aubin-de-Courteraie).
Autre figure du Perche, l'abbé de Rancé. A son arrivée à la tête de l'abbaye de la Trappe, en 1664, il imposa une réforme de la vie monastique, obligeant les moines à une stricte observance de la règle de Cîteaux associant prières et travaux manuels. La réforme de l'abbé de Rancé devait sauver l'ordre cistercien tout entier de la décadence, au point que tous les moines de cette observance reçurent le nom de trappistes.
Saint-Simon fit de nombreux séjours à l'abbaye de la Trappe de Soligny, peu éloignée de son domaine de La Ferté-Vidame.

Au Canada et plus particulièrement au Québec, l'ancienne Nouvelle-France, de nombreuses familles ont des origines percheronnes. Les Bouchard, Cloutier, Dion, Fortin... puisent leurs racines dans le Perche.
Tout débute en 1621 quand Robert Giffard, originaire de Mortagne-au-Perche, s'embarque à Dieppe et devient le premier médecin du Québec. En 1628, de retour de Nouvelle-France, il se marie à Mortagne. En 1634, R. Giffard, seigneur de Beauport sur les rives du Saint-Laurent, débarque en compagnie de compagnons percherons sur ses terres. Elles sont découpées en concessions, en rangs (bandes de terre ayant chacune une ouverture sur les rives du fleuve) et exploitées par les familles nouvellement arrivées.
Nous trouvons aussi, dans la galerie des personnages ayant fait souche en Nouvelle-France, Pierre Boucher. Sa famille part, dès 1634, avec R. Giffard. P. Boucher, gouverneur de Trois-Rivières, fît connaitre en France cette possession outre Atlantique par l'écriture d'un mémoire Histoire véritable et naturelle et des moeurs et productions du pays de la Nouvelle France vulgairement dite le Canada. Les colons français furent en 1667, suite à la décision de Louis XIV, protégés par un régiment français, le futur régiment du Perche, des agressions anglaises et de leurs alliés iroquois.
De nombreuses familles firent le voyage et s'implantèrent en Nouvelle-France. On estime à 1 500 000 les Québecois ayant des origines percheronnes.

Le Perche possédait de nombreux atouts pour le développement précoce d'une industrie. La main-d'oeuvre abondante et bon marché, les matières premières, la force motrice des rivières permirent l'installation d'une proto-industrie. Le chanvre et la laine faisait travailler de nombreux métiers dispersés dans les campagnes. Le minerai de fer exploité à ciel ouvert dans les sables du Perche alimentait les forges qui fournissaient à leur tour les tréfileries. Installées en bordure de rivière, ces entreprises utilisaient les rivières pour actionner les forges, les laminoirs...
Cette proto-industrie, dispersée dans le Perche, n'a pas résisté aux révolutions industrielles en raison de la faiblesse calorifère du bois par rapport à la houille, de l'insuffisance des cours d'eau, de la faible quantité et de la piètre qualité du minerai de fer local.

Les trois ordres siègent à Bellême pour choisir leurs députés aux Etats Généraux et pour rédiger les cahiers de doléances. Cette réunion se déroule sur fond de disette en raison des mauvaises récoltes et donc du renchérissement du prix du pain. Des bandes armées parcourent la campagne à la recherche de grains. La misère pousse de nombreuses personnes à s'en prendre aux droits seigneuriaux et aux transports de grain.
La prise de la Bastille, la Grande Peur, l'abolition de tous les privilèges eurent dans le Perche un écho semblable aux autres régions françaises.
La réforme administrative de l'Assemblée nationale constituante du 15 janvier 1790 conduisit à l'éclatement du Perche entre les nouveaux départements créés à savoir l'Orne, l'Eure-et-Loir, la Sarthe et le Loir-et-Cher. Le Perche cesse alors d'avoir une existence administrative légale.
La vente des biens du clergé profite à la bourgeoisie et aux familles les plus aisées. La décision de ne garder qu'un seul temple par ville et donc de vendre et d'abattre les autres conduisit à la disparition, entre autres, de la collégiale de Toussaint à Mortagne et de l'église Notre-Dame-des-Marais à Nogent. La suppression des ordres religieux obligea moines et moniales à prendre le chemin de l'exil tandis que leurs bâtiments étaient pillés puis détruits. La Constitution civile du clergé divisa l'Eglise entre prêtres jureurs et prêtres réfractaires ou insermentés. Ce schisme et la chouannerie qui s'ensuivirent eurent dans le Perche des effets modérés. Le culte de la Raison instauré par la République née le 21 septembre 1792 ravive la chouannerie dans le Perche. Pendant l'hiver de l'an VIII (1799-1800), les chouans prennent Bellême puis doivent se replier dans le région du Mêle. La Légion royale du Perche, l'armée des chouans, est battue par les troupes du général Merle.

L'histoire du cheval percheron remonte à 732, date de l'arrêt de la progression arabe en France, à Poitiers, par Charles Martel. Par l'apport de sang arabe et grâce à des croisements judicieux, le cheval du Perche acquièrt des caractéristiques propres, à savoir, une grande taille, une robe gris pommelé, une charpente osseuse, forte et musculeuse. Ces critères seront retenus en 1883 pour constituer le "stud-book", livre généalogique qui marque ainsi la naissance de la race percheronne.
Le XIX^e siècle verra le développement de cette race avec la multiplication des comices agricoles et concours. La renommée du percheron sera alors internationale. Canada, Argentine, mais surtout les Etats-Unis achètent des chevaux dans le Perche. Ils participent à la conquête de l'Ouest américain et permettent la mise en valeur des Grandes Plaines. L'American Percheron Stud-Book confère aux percherons une grande popularité outre Atlantique.
A partir de la Première Guerre mondiale, avec la motorisation de l'agriculture accentuée après la Seconde Guerre mondiale, l'utilisation du cheval percheron connaît un inexorable déclin.
Les congrès mondiaux regroupant tous les éleveurs et amateurs de chevaux percherons, permettent de garder une certaine renommée à cette race.

Le 20 novembre 1870, les Prussiens entrent dans Senonches. Le Perche est alors le lieu de nombreux combats entre les troupes françaises mal équipées, mal nourries, composées de volontaires sans cohésion et les troupes prussiennes portées par la victoire, depuis Sedan, le 2 septembre 1870.
La Madeleine-Bouvet, Bretoncelles, la Fourche... seront des lieux de combats ; à chaque fois les Prussiens progressent et se livrent à des exactions, incendies de maisons, pillages, arrestations. Le 29 janvier 1871 marque la signature de l'armistice mais pas la fin des pillages. Il faudra attendre le 26 février, date de signature de la paix entre la France et l'Allemagne, puis le départ des troupes allemandes pour que le Perche retrouve le calme.

Le Perche, comme toutes les régions de France, donna son lot de chair et de sang au premier conflit mondial. Il n'est qu'à se promener dans les villages percherons pour lire sur les monuments aux morts le lourd tribut que les communes ont payé. Dès 1920, un effort de mémoire est entrepris avec la construction de momunents pour rendre hommage aux héros de guerre. Les noms sont gravés sur la pierre afin que les générations n'oublient pas le sacrifice de ceux qui se sont battus pour la défense de notre patrie lors de la "der des der".
Et pourtant après 1945 de nouveaux noms s'ajouteront, commémorant les morts de la Seconde Guerre mondiale. Le Perche n'est pas directement touché par les combats du printemps 1940 mais Nogent-le-Rotrou, La Ferté-Bernard sont bombardés et on se bat à Senonches. Le Perche voit arriver de nombreux réfugiés fuyant les zones de combat. Après l'armistice du 22 juin, la vie reprend, sous contrôle allemand, avec son cortège de rationnements, de réquisitions, de contraintes... Le premier réseau de résistance se met en place dès 1941. Pour échapper, à partir de 1943, au Service du travail obligatoire (S.T.O.), de nombreux appelés rejoignent les maquis. Collaboration et résistance divisent les Percherons comme partout en France.
A partir du 6 juin 1944, les maquis jouent un rôle essentiel, renseignant les Alliés, récupérant les aviateurs abattus dans le ciel percheron. Les bombardements sont nombreux sur les voies ferroviaires, les entrepôts de munitions. Le 17 juin, 20 h 40, 72 bombardiers américains accompagnés de 11 chasseurs prennent position au-dessus de La Loupe, jusque-là épargnée par la guerre. Au cours de 17 raids en l'espace d'une demi-heure, les forteresses volantes déversent une grande quantité de bombes, anéantissant la ville. Malgré l'arrivée rapide des secours on dénombra 70 morts ou disparus ; la ville de La Loupe a été la ville la plus sinistrée du département durant cette Seconde Guerre mondiale. Le 11 août Nogent-le-Rotrou est libéré par le maquis de Plainville, peu avant l'arrivée des troupes alliées. Le Perche panse alors ses plaies, se recontruit.