De la forêt originelle, la Silva Pertica, il ne subsiste que quelques reliquats en raison de l'action de l'homme.
La forêt se localise sur les sables du Perche et l'argile à silex des plateaux et hauteurs. Les massifs les plus célèbres appartiennent à l'Etat. La notoriété de ces forêts domaniales provient essentiellement de la qualité des chênes, notamment en forêt de Bellême et de Réno-Val-Dieu. Quelques chênes, précieusement conservés, atteignent 350 ans, tout particulièrement dans la série artistique du massif de Réno-Val-Dieu.

Le chêne pédonculé (quercus robur) n'est qu'accessoirement présent dans les grandes forêts, il est remplacé par le chêne sessile (quercus petraea) plus souple devant les exigences de la sylviculture.
Le hêtre, le charme, le bouleau, le châtaignier se rencontrent surtout dans les taillis sous futaie.
Les résineux sont en général sur les terrains pauvres inaptes à la culture des feuillus. L'enrésinement a, après une coupe à blanc, souvent été choisi par les propriétaires privés en raison d'un cycle de vie court par rapport à celui des feuillus.

Les forêts ont toujours eu dans le Perche un rôle économique important. Dès le Moyen Âge, elle fait vivre de nombreux métiers et offre aux troupeaux des pâturages. Elle fournit la nourriture des hommes et des animaux, le combustible domestique et artisanal pour les fonderies, forges, verreries, briqueteries, tuileries, poteries... Elle fournit aussi de nombreux emplois, gardes, marchands, officiers du roi, fendeurs, scieurs de long, charbonniers, bûcherons...
A partir du XVIIIe siècle, les besoins en bois pour les chantiers de la marine conduisent à gérer, cultiver la forêt afin d'assurer une production. En 1669, Colbert réforma et organisa la gestion des forêts.
Avec la proto-industrie, puis l'industrialisation du XIXe siècle, les besoins en charbon de bois augmentent considérablement afin de produire la fonte puis le fer. Il faut alors couper 80 à 100 ha de bois pour une production annuelle de 250 à 300 tonnes de fonte. Heureusement pour nos forêts, le charbon de bois est remplacé vers 1860 par le charbon de terre. Parallèlement, l'apparition des constructions métalliques de navires, de la vapeur fait disparaître les mobiles qui avaient guidé Colbert. En 1824, le gouvernement royal crée l'Ecole des Eaux et Forêts de Nancy dont les méthodes permettront un aménagement de magnifiques forêts de chênes de très haute qualité.

De nombreuses rivières prennent leur source dans les collines du Perche, contribuant ainsi au façonnement des bassins versants. Ayant atteint leur profil d'équilibre ces rivières paressent de méandre en méandre. L'Huisne, principal cours d'eau du Perche, après un écoulement ouest-est, s'oriente plein sud pour confluer avec la Sarthe au Mans. Le chevelu hydrographique est dense dans le Perche et a contribué au développement de la proto-industrie, fournissant la force motrice. De nombreuses rivières détournées par des canaux de dérivation alimentaient des chutes d'eau équipées de roues actionnant les premières machines industrielles.
Plus traditionnellement, les lavoirs construits sur les rives accueillaient les lavandières. Dans certains lavoirs, le plancher s'ajustait aux variations de niveau des rivières, facilitant, par toute saison, le travail des lavandières percheronnes.
De nombreux étangs jalonnent le Perche. Naturels ou artificiels, ils constituent de riches niches écologiques à préserver.

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